ในการสร้าง QR Code ปัจจัยสำคัญประการหนึ่งคือการเลือกระดับความทนทานต่อข้อผิดพลาดที่ถูกต้อง ระดับความทนทานต่อข้อผิดพลาดกำหนดความสามารถของ QR Code ในการยังสแกนได้แม้ถูกบดบังบางส่วน ระดับความทนทานต่อข้อผิดพลาดของ QR Code แบ่งเป็นสี่ระดับ แทนด้วยตัวอักษร: L (7%), M (15%), Q (25%) และ H (30%) หากเนื้อหาของ QR Code สั้น แนะนำให้ใช้ระดับ H เนื่องจากความทนทานต่อข้อผิดพลาดสูงหมายความว่ายังสแกนได้แม้ถูกบดบังมากขึ้น สำหรับ QR Code ที่มีเนื้อหายาว ระดับ L เป็นตัวเลือกที่ดี เนื่องจากสร้าง QR Code ที่โปร่งกว่าและสแกนง่าย

ในกรณีส่วนใหญ่ ระดับความทนทานต่อข้อผิดพลาด 30% เป็นตัวเลือกที่ดีที่สุดสิ่งนี้ใช้ได้กับโทรศัพท์มือถือส่วนใหญ่ในปัจจุบัน ในกรณีส่วนใหญ่ ความทนทานต่อข้อผิดพลาดสูงหมายถึงการสแกนที่เร็วยิ่งขึ้น

